如果干燥機進料系統停機進行清潔，則會導致干燥機停機，從而減少生產月份的可用時間。以噴霧干燥機為例，在食品或乳制品廠中，噴霧干燥器的進料系統通常必須每天洗滌或CIP。在經常在產品，批次和產品之間切換的食品廠必須分開。一個熱門的問題是處理變應原類和過敏原類之間的清潔。
  
  可以在進料系統CIP中進行許多簡單的增量操作改進，以縮短周轉時間，例如，是否需要從噴霧干燥器中取出噴槍并將它們連接起來以便盡可能有效地進行清潔？經過壓力測試并準備安裝的第二組噴槍可以避免操作員兩次覆蓋相同的地面。
  
  有一種趨勢是使用具有兩個進料系統的噴霧干燥器，每個進料系統可以100％的容量運行。雖然這種方法對噴嘴霧化系統特別有效，但它也可為旋轉霧化系統提供優勢。如果進料系統CIP要求噴霧干燥器每天或每周停機幾小時，則可以使用雙進料系統重新獲得這些小時數。